淋球菌尿道炎可有多种合并症，主要有：前列腺炎、精囊炎、附睾炎、感染尿道，也可侵犯直肠、眼结膜和咽部。可发生附睾炎和前列腺炎；造成不孕或不育。并可经血行播散，引起菌血症、关节炎、心内膜炎、脑膜炎、肝炎等。